Дарвиновский музей представляет несколько выставок. Интерактивная экспозиция «Пройди путем эволюции», выставки, которые открылись перед самым закрытием музея осенью: «Звери-летчики», «Таинственный край Земли», «Бесконечная конечность», «Лапландия: сказки Русского Севера» и экспозиция, посвященная Гансу Христиану Андерсену, «Сказочник Датского королевства». Все это рассчитано на детей.
Кроме того, на них рассчитан и новый обитатель постоянной экспозиции — аллигатор Сатурн, который жил в Московском зоопарке и стал легендой благодаря своей удивительной судьбе. 6 февраля ему будут посвящены целый день и отдельный праздник, который сотрудники музея назвали «Приключения одного аллигатора». В рамках праздника пройдут познавательная экскурсия, квест, настольные игры и мастер-классы.
С подростками же в Дарвиновский музей можно сходить на только что открывшуюся экспозицию «Фукусима: надежда и отчаяние», собранную из фоторабот и видео японского художника Сигэру Есиды и посвященную 10-летию трагедии в Фукусиме.
История Москвы через призму автомобилей и гаражей, отношения архитекторов и времени, восприятия автомобилей людьми, в том числе известными: Лилей Брик и Владимиром Маяковским, Виктором Шкловским и Александром Родченко. По экспозиции проходят обзорные семейные экскурсии, расписание которых нужно смотреть на сайте музея. На экскурсии расскажут о том, что такое гаражная архитектура, как она развивалась в СССР в 20-е и 30-е годы, как выглядел кабинет инженера, покажут чертежи и поговорят о том, когда автомобиль появился в кино.